Briefing
Joanna Dark, agent novice, se voit confier une mission d'extraction. Elle doit aider un savant à s'échapper d'un complexe scientifique de haute sécurité, situé sous l'immeuble de la dataDyne. Elle est surprise de découvrir que le Dr. Caroll est en fait une IA créée par la dataDyne mais poursuit n'est en moins sa mission de sauvetage. L'alarme donnée, Joanna doit se frayer un chemin jusqu'à l'héliport au sommet de la tour, afin de s'enfuir par la voie des airs.
En réponse à cette agression, la dataDyne capture Daniel Carrington deux jours plus tard et le retient en otage dans sa propre villa. La corporation réclame en échange le retour de leur IA, leur 'propriété'. Mais ce qu'ils ne savent pas, c'est que l'IA se trouve dans la villa, où Carrington discutait avec elle des plans de la dataDyne. Joanna délivre Daniel, mais ne peut empêcher la dataDyne de récupérer le Dr. Caroll. L'IA en a cependant assez dit à Carrington pour que celui-ci convoque sur Terre un groupe de spécialistes maïans.
Joanna est envoyée à Chicago pour espionner les conspirateurs dans l'immeuble du G5, une façade de la dataDyne Corporation. Elle apprend l'implication de Trent Easton, directeur de la NSA et celle de l'étrange homme d'origine nordique qui semble tout contrôler. Une fois le plan concernant le Président révélé par Trent, Joanna rapporte la situation, mais découvre qu'il y a quelque chose de plus urgent à accomplir en premier lieu.
Les spécialistes ont été interceptés par les conspirateurs. Les survivants du crash et l'épave ont été transportés dans le Secteur 51, dans le Nevada. Joanna est larguée dans le secteur afin de contacter un autre agent de l'Institut Carrington, de secourir d'éventuels survivants et de retrouver leur équipement. Lorsqu'elle pénètre dans le labo, Joanna découvre le secret de l'Institut : ses alliés sont des Maïans, les extraterrestres connus sous le nom de Petits Gris. L'extraterrestre qu'elle sauve s'appelle Elvis. Il était garde du corps de l'ambassadeur qui était à la tête de l'équipe de spécialistes.
Après avoir aidé les survivants de la délégation Maïan, Joanna peut s'occuper des plans de la dataDyne concernant le Président. Elle se fait passer pour un membre de l'entourage du Président pour accéder à la base aérienne où Air Force One est stationné. Elle réussi ensuite à se cacher à bord de l'avion. Une fois en vol, Trent et les Skedars occultés se manifestent, mais Joanna est là pour les arrêter. Elle escorte le Président jusqu'à la capsule de sauvetage tandis que des hommes de Trent parcourent l'avion à la recherche du Président. Ils désirent entraîner ce dernier à bord de l'OVNI skédar, arrimé à AF1 par une passerelle amovible. Joanna endommage la passerelle mais ne parvient pas à la détruire. Elle appelle Elvis à la rescousse et celui-ci décide de s'écraser sur Air Force One. La capsule de sauvetage est éjectée et les trois appareils s'écrasent dans le désert glacé de l'Alaska.
Joanna reprend connaissance et essaye de faire son rapport, mais elle s'aperçoit que sa communication est brouillée par une transmission provenant de l'appareil skedar. Elle se met en route dans la neige pour retrouver le Président et Elvis. Elle rencontre des escouades de Skedars occultés qui recherchent le Président, Elvis, elle-même et certaines possessions du Président. Elle suit un groupe jusqu'au vaisseau skédar abattu, où elle découvre un clone du Président, elle le détruit et coupe le brouilleur, puis appelle la cavalerie. Les plans skedars ont été déjoués une fois de plus, le Président est sauf et Trent est exécuté de façon atroce par les Skedars pour son incompétence.
Au mépris de toute prudence, la dataDyne et les Skedars s'emparent du Pélagic II - le bâtiment d'étude océanique du gouvernement - et se dirigent vers le lieu où se trouve le vaisseau cetan. Joanna et Elvis s'introduisent à bord du bateau pour y semer le désordre et découvrir quel est le grand projet. Après avoir saboter les opérations de plongées et rappelés le sous-marin, ils plongent vers les profondeurs de l'océan, où ils aperçoivent le croiseur cetan pour la première fois. Ils pénètrent dans le vaisseau via le passage ouvert par les Skédars et tombent sur un guerrier skedar mort... Apparemment, l'escouade d'assaut n'a pas eu la partie facile. Après avoir combattu les Skedars et éviter les Cetans, Joanna et Elvis atteignent le cœur du vaisseau. Là, ils découvrent l'IA qui était le Dr. Caroll. Une fois sa personnalité restaurée, le Dr. Caroll presse Joanna et Elvis de quitter le vaisseau, qu'il a l'intention de détruire une fois pour toutes.
De retour à l'Institut Carrington, Joanna est sur le point de partir à un cocktail présidentiel à la Maison Blanche lorsque l'enfer se déchaîne. Les survivants de l'équipe d'assaut skedar libère leur vengeance sur les responsables de leur échec. Joanna parcourt l'Institut en essayant d'escorter un maximum d'employés vers les hangars, tandis que les Skedars attaquent différentes parties du bâtiment. Tandis que la majorité des employés quittent les lieux, Joanna retient les Skedars avant de se faire assommer et capturer.
Elle se réveille dans une pièce à bord du croiseur skedar avec Cassandra de Vries comme compagnon de cellule. Cette dernière se sacrifie pour permettre à Joanna de s'échapper. Elle parvient à abaisser les boucliers des zones d'amarrage et Elvis arrive avec quelques amis pour une petite partie de tir au pigeon.
Le vaisseau capturé se place en orbite autour de la planète où se trouve l'autel de Bataille skedar. Elvis est abasourdi : les Maïans n'ont jamais réussi à trouver cet endroit, le saint des saints des Skedars. Si l'Autel était détruit, cela anéantirait le moral des Skedars et une véritable paix pourrait être instaurée à la place d'un cessez-le-feu instable. Joanna se charge du chef des Skedars, le Grand Prêtre de l'Autel de Bataille tandis qu'Elvis retourne au croiseur pour contacter la flotte Maïan.
L'histoire se termine avec le temple en ruine... Elvis demande un répit dans le bombardement afin de pouvoir trouver Joanna. Elle est vivante, coincé sous des gravats et retenu par un Skedar accroché à sa jambe. Elvis lui tend une arme pour convaincre le Skedar de la laisser partir. Les deux héros quittent ensuite la planète.
